Nista Mandala ialah areal Pura paling luar yang masih menjadi satu kesatuan dengan Pura. Mencari Nista Mandala Pura Adhitya Jaya bisa masuk dari Jl. Daksinapati Raya atau dari Jalan Yos Soedarso (by Pass) dengan melewati Candi Bentar

Pada Nista mandala ini ada bangunan Pasraman tempat pembinaan umat, seperti Sekolah Minggu Agama Hindu (untuk SD sampai SMU), dan juga untuk kuliah Sekolah Tinggi Agama Hindu (STAH) Jakarta. Selain itu terdapat kantin untuk menikmati berbagai makanan khas Bali dan juga menjual buku-buku agama Hindu, bangunan untuk pelaksanaan manusa yadnya berupa Bale Gede, Dapur dan Rumah Tunggu. Di sudut barat laut dan di depan jalan keluar Pura bagian Timur terdapat Bedogol.

Masuk ke Madya Mandala dapat dari arah barat (pintu utama) atau timur dengan melalui Candi Bentar. Pada Madya Mandala terdapat bangunan Perantenan serta Balai Wantilan yang berfungsi sebagai tempat menyiapkan segala keperluan upakara dalam rangka upacara (Pujawali).

Wantilan juga berfungsi sebagai tempat pertunjukan berbagai tarian baik tari sakral yang berkaitan dengan upacara atau tari profan yang relevan dengan upacara Pujawali yang bersifat hiburan. Kadangkala di Wantilan ini juga diselenggarakan Dharma Tula.

Untuk masuk ke Utama Mandala melewati Kori Agung dengan 3 pintu yaitu pintu utama dan 2 pintu lagi di kanan kirinya. Pada Utama Mandala terdapat bangunan antara lain, Padmasana, Panglurah, Pelinggih Taman Sari, Pelinggih Beji, Bale Papelik, Pemujaan/Pemiosan.

Merupakan pintu masuk, batas wilayah antara jaba sisi/luar (Nista Mandala) dengan areal luar. Juga merupakan pintu masuk yang menentukan batas wilayah antara jaba sisi (Nista Mandala) dengan jaba tengah (Madya Mandala).

Ruangan/pintu candi bentar dibuat agak lebar, dimaksudkan agar umat dapat lebih banyak mauk ke jaba tengah sekaligus. Juga mengandung arti umat boleh dengan leluasa keluar masuk dari jaba sisi kejaba tengah atau sebaliknya.

Merupakan pintu masuk dan batas wilayah antara jaba tengah (Madya Mandala) dengan jeroan (Utama Mandala). Ruang/pintu tempat masuknya sengaja dibuat kecil, hanya cukup untuk satu orang, diatasnya terdapat ukiran berbentuk Kala (Boma), dijaga oleh 2 buah patung Dwara Pala. Hal ini mengenadung pengertian bahwa untuk masuk ke Utama Mandala tidak setiap orang bebas dengan leluasa melainkan hanya satu persatu, maksudnya agar mereka yang hendak masuk ke Utama Mandala supaya benar-benar orang-orang yang sudah satau antara bayu (tenaganya), Sabha (perkataanya), Idep (pikirannya), dan bulat tertuju hanya untuk memuja Tuhan.

Kala berarti waktu, maksudnya hanya dalam keadaan dan waktu seseorang yang telah satu Bayu, Sabda dan Idepnya dapat masuk ke Utama Mandala, misalnya tidak dalam keadaan cuntaka. Hanya dalam keadaan suci, bersih lahir, bathin orang boleh masuk Utama ke Mandala.

Boma merupakan simbol hutan belantara di lereng gunung dan puncak gunungnya adalah puncak Padmasana (Mandara Giri) sebagai tempat stana Tuhan. Dalam lontar awig-awig Krama Desa dijelaskan bahwa orang yang telah masuk ke Utama Mandala dilarang untuk berbicara, bercakap-cakap, lebihlebih mengucapkan kata-kata kasar, dilarang bercanda dan dianjurkan hanyalah mengumandangkan lagu-lagu keagamaan seperti kidung Wargasari atau mantram suci. kalau tidak bisa melagukan kidung sebaiknya diam diiringi dengan peranayama. Jika masih ingin berbicara, bercakap-cakap, berdiskusi sudah disiapkan tempat istirahat di Jaba Tengah atau Jaba Sisi untuk berdharmatula.

Sebuatan Padmasana berasal dari kata Padma yang berarti bunga teratai, dan Asana berarti sikap dalam yoga atau sikap yang terbaik dalam memuja. Teratai/Padma adalah salah satu simbul kesucian dalam agama Hindu, karena teratai ini walaupun hidup dalam lumpur namun tak sedikitpun lumpur dapat menempel pada bunganya. Dengan tidak adanya kotoran yang melekat ini merupakan simbul bahwa kesucian itu akan bebas dari segala kemelekatan (noda).